Ответ конечно запоздалый, но может кому пригодится.
Во первых в GE у вас не получится как вы хотите, т.к. там нельзя выбрать прозрачность определенного цвета.
Во вторых привязывание карт на GE не даст хорошего результата, проверено на себе.
Пользуйтесь ГлобалМаппером, В ГМ нижний слой GE поверх него ГШ с настройками: Поставить галочки на прозрачный цвет и сделать похожие цвета прозрачными, естественно выбрав нужный вам цвет на палитре, смешивание "Blend Mode / Hard Light".
Результат будет примерно таким:
![Изображение](http://i19.fastpic.ru/thumb/2011/0402/ac/bd84100732132e0663d9961607e645ac.jpeg)
А после нарезки тайлов и в САСе.
![Изображение](http://i10.fastpic.ru/thumb/2010/0919/6b/31a8caeb990cabb76938b7b92173046b.jpeg)
Есть один минус такого метода, у меня уже нарезан просто генштаб и лежит в кеше САСпланеты, и делать по второму разу нарезку ну не хочется.
Поэтому мечтаю чтобы разработчики СасПланеты прилепили возможность в слоях использовать обычные карты с настраиваемой прозрачностью и смешиванием.