Ответ конечно запоздалый, но может кому пригодится.
Во первых в GE у вас не получится как вы хотите, т.к. там нельзя выбрать прозрачность определенного цвета.
Во вторых привязывание карт на GE не даст хорошего результата, проверено на себе.
Пользуйтесь ГлобалМаппером, В ГМ нижний слой GE поверх него ГШ с настройками: Поставить галочки на прозрачный цвет и сделать похожие цвета прозрачными, естественно выбрав нужный вам цвет на палитре, смешивание "Blend Mode / Hard Light".
Результат будет примерно таким:

А после нарезки тайлов и в САСе.

Есть один минус такого метода, у меня уже нарезан просто генштаб и лежит в кеше САСпланеты, и делать по второму разу нарезку ну не хочется.
Поэтому мечтаю чтобы разработчики СасПланеты прилепили возможность в слоях использовать обычные карты с настраиваемой прозрачностью и смешиванием.